Την οργή υποστηρικτών του και οργανώσεων ανθρωπίνων δικαιωμάτων, αλλά και την ικανοποίηση πολλών αντιπάλων του, προκάλεσε η ανακοίνωση του Μπαράκ Ομπάμα για επανάληψη των αμφιλεγόμενων έκτακτων στρατοδικείων που είχε συστήσει ο προκάτοχός του, Τζορτζ Μπους, προκειμένου να δικαστούν ορισμένοι κρατούμενοι στο Γκουαντάναμο. Υποσχέθηκε ωστόσο να βελτιώσει το σύστημα που ο ίδιος αλλά και πολλοί άλλοι έχουν αποδοκιμάσει έντονα.