Αντιδράσεις από την Εκκλησία αλλά και στο εσωτερικό της ΔΗΜΑΡ έχει προκαλέσει η νέα τοποθέτηση της Μαρίας Ρεπούση σχετικά με το πρόγραμμα διδασκαλίας στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση και το κατά πόσο πρέπει να διδάσκονται τα θρησκευτικά αλλά και τα αρχαία ελληνικά.