Ως ο απόλυτος ηγέτης της οργάνωσης «Χρυσή Αυγή», τόσο του πολιτικού όσο και του στρατιωτικού μέρους της, εμφανίζεται ο Νίκος Μιχαλολιάκος στο κατηγορητήριο που συνέταξε ο ανακριτής διαφθοράς Σπύρος Γεωργουλέας.
Σύμφωνα με το κατηγορητήριο, ο αρχηγός συντόνιζε και γνώριζε την έκνομη δράση της οργάνωσης, αφού όλες οι επιθέσεις, οι βιαιοπραγίες και οι απόπειρες πρόκλησης βαριάς σωματικής βλάβης ήταν προγραμματισμένες.
Όπως επισημαίνεται στο κατηγορητήριο, από τις τηλεφωνικές συνομιλίες προκύπτει ότι ο Νίκος Μιχαλολιάκος ενημερώθηκε για τη δολοφονία του Παύλου Φύσσα από τον Γιάννη Λαγό. Τον βουλευτή Β΄Αθήνας είχε ενημερώσει νωρίτερα ο Γιώργος Πατέλης, ο οποίος έμαθε από τον Γιώργο Ρουπακιά ότι σκότωσε τον 34χρονο ράπερ.
«Εσύ δε υπό την ιδιότητα του μέλους της στενής ηγετικής ομάδας της οργανώσεως και του βουλευτού της Χρυσής Αυγής διηύθυνες αυτήν παρέχων διαταγές, οδηγίες και εντολές προς τα μέλη της οργανώσεως ελέγχων απολύτως τη δράση αυτής και ενεργών προς επίτευξη των παρανόμων σκοπών της όπως ανωτέρω αυτοί αναλυτικώς αναφέρονται», αναφέρεται χαρακτηριστικά στο κατηγορητήριο σε βάρος του Νίκου Μιχαλολιάκου.
Στο κατηγορητήριο, το οποίο χαρακτηρίζει την οργάνωση στρατιωτική με δομή και σιδηρά ιεραρχία, αναφέρεται πως για όποιον δεν την ακολουθεί υπάρχουν συνέπειες και για τη σωματική ακεραιότητά του, ενώ γίνεται αναφορά και για εκπαίδευση των ανηλίκων παιδιών αλλά και στις επιχειρησιακές ομάδες που προσέρχονται συντεταγμένες όπως ο στρατός
Τι θα πει στην απολογία του ο Ηλίας Κασιδιάρης
Για τον Ηλία Κασιδιάρη το κατηγορητήριο αναφέρει ότι είχε τον ρόλο της εκπαίδευσης των μελών της εγκληματικής οργάνωσης, η οποία όπως αποκαλύπτεται, γινόταν και με αληθινά πυρά.
Ο Ηλία Κασιδιάρης κατηγορείτai ότι συμμετείχε στην οργάνωση ως εκπαιδευτής των μελών των ταγμάτων Εφόδου και για ποινικά αδικήματα μεταξύ άλλων όπως:
Παραχάραξη και κυκλοφορία παραχαραγμένων νομισμάτων, πλαστογραφία, εμπρησμό σε δάση, έκρηξη, πρόκληση ναυαγίου, ανθρωποκτονία από πρόθεση, βαρειά σωματική βλάβη, αρπαγή, εμπόριο δούλων, αρπαγή ανηλίκων, βιασμός, κατάχρηση σε ασέλγεια, αποπλάνηση παιδιών, πορνογραφία ανηλίκων, σωματεμπορία, υπεξαίρεση, ληστεία, εκβίαση και διευκόλυνση της παρανόμου εισόδου ή εξόδου ή της παρανόμου μεταφοράς υπηκόων τρίτων χωρών.