Σε δημόσια διαβούλευση δόθηκε από τη Σύνοδο των Πρυτάνεων στο Ρέθυμνο το κείμενο για τις αλλαγές στα ΑΕΙ. Τα ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα γίνονται αυτοδιοικούμενα όργανα που θα αποφασίζουν τόσο για τη μισθοδοσία όσο και για τις προσλήψεις που θα πραγματοποιούν. Στα ΑΕΙ θα μετέχουν ακαδημαϊκά αλλά και εξωτερικά μέλη.Η ενίσχυση της αυτοδιοίκησης των ΑΕΙ περιλαμβάνει εκχώρηση αρμοδιοτήτων, όπως η μισθοδοσία και η πρόσληψη καθηγητών, που σήμερα γίνονται από το υπουργείο Παιδείας. Τα διοικητικά όργανα των πανεπιστημίων, όπως η Σύγκλητος και το Συμβούλιο Διοίκησης θα έχουν τις αρμοδιότητες αυτές και θα λογοδοτούν στο υπουργείο.